La sede centrale del Museo nascerà a Brescia, in una fabbrica metallurgica sorta nella prima periferia industriale della città, fra Otto e Novecento, a stretto contatto con il quartiere popolare di Campo Fiera. Una fabbrica da alcuni anni abbandonata, che ha mantenuto la sua fisionomia originaria; con la sua presenza e la trasformazione in sede museale arricchirà il grande progetto di riqualificazione urbana che sta per investire quest'area ex industriale a ridosso della città storica.
Si è concluso a maggio 2004 il concorso internazionale di progettazione a procedura ristretta, con prequalificazione dei concorrenti, per la realizzazione della sede centrale del Museo. Il progetto vincitore è degli architetti Klaus Schuwerk e Jan Kleihues.